El gobierno , quien tenia como Gobernador del Estado de Utah a Brigham Young, detuvo a John D. Lee acusado como el ejecutor intelectual de la masacre. La iglesia lo excomulgó declarando a Lee fuera de la ley del hombre, y de la iglesia al supuestamente malinterpretar un edicto de su líder, Brigham Young.
En marzo de 1877, 20 años más tarde, el gobierno de los EE. UU. ejecutó al hombre al mando de los asesinos, John D. Lee En sus últimas palabras, John D. Lee confesó sentirse traicionado por Brigham Young, aunque mantuvo que éste no supo de la atrocidad hasta después de que había ocurrido. Cierta interpretación de los hechos hicieron a John D. Lee suponer que Brigham Young quería que todo emigrante que pasara por el Territorio de Utah durante el toque del sitio fuera detenido o asesinado (Confesiones de John D. Lee, p. 383). Brigham Young no fue juzgado por la masacre hasta su muerte ese mismo año (1877). El acontecimiento de Mountain Meadows fue y ha sido hasta el día de hoy criticado duramente por detractores de la iglesia mormona contándose una gran cantidad de material bibliográfico dedicado a ello. Estos sucesos deben entenderse dentro de su contexto. Expulsados de sus hogares y con el riesgo siempre latente de ser atacados por aquellos que los habían perseguido en los estados del este, parte de los miembros de la iglesia mormona, cansados de las persecuciones, tomaron la decisión de auto defenderse aun matando a todos aquellos que cruzaran por el territorio y no fueran de su iglesia. La masacre de Mountain Meadows fue perpetrada por hombres que tomaron esta decisión en contra de las leyes tanto del país como de su iglesia. El líder mormón Gordon Hinckley que presidio la iglesia mormona entre 1994 y 2007, dio disculpas publicas debido al revuelo que se ha dado debido a la reciente publicación de un libro que trata sobre este tema y la iglesia mormona levanto un monumento conmemorativo a la masacre.